En 1895 d’abord puis en 1902, les Salésiens ont été sollicités par le président du conseil de gestion, l’abbé Jean, pour s’occuper de l’orphelinat. Dans une réponse adressée le 1er avril de la même année, Don Durando explique qu’il se voit dans l’obligation de décliner cette invitation car, depuis 1901 déjà, leur communauté avait décidé de ne plus ouvrir de nouvelles maisons pour plusieurs années.
Entre temps, les changements de législation intervenus en France sont venus entraver le fonctionnement des maisons salésiennes et favoriser du même coup les projets d’établissement en Suisse. Ainsi, le 14 janvier 1941, les Pères Kreyenbühl et Grand prennent la direction et l’animation de l’Institut Saint-Joseph, au grand soulagement du directeur en place. En effet, le manque de personnel éducatif et des conditions de vie difficiles avaient entraîné toutes sortes d’excès chez les pensionnaires. La mise en place d’un nouveau concept éducatif basé sur le “système préventif” si cher à Don Bosco ne tardera pas à modifier l’état d’esprit des jeunes et à améliorer la réputation de l’établissement. Signe tangible de ces changements, depuis l’arrivée des Salésiens, la population ne parle plus de l’Orphelinat des garçons mais de l’Institut Don Bosco.
Le nombre des pensionnaires augmente, de nouvelles classes s’ouvrent ce qui nécessite l’aménagement des bâtiments existants et la construction de deux nouveaux bâtiments en 1946. En 1948, ce sont les Soeurs Salésiennes qui se joignent à l’équipe en place, s’occupant de l’intendance et de la restauration. Les progrès de la médecine, sans doute, mais également le développement de l’aide sociale entraînent une diminution notable des enfants orphelins livrés à eux-mêmes. On assiste donc à une évolution au niveau des motifs de placement et, de plus en plus, on accueille des jeunes présentés par des parents soucieux d’inculquer à leur enfant une éducation chrétienne et une solide formation scolaire. Les résultats sont probants et, dans les années soixante on se sent à nouveau à l’étroit dans les vieux murs et leur vétusté et leur conception surannée excluent de nouveaux aménagements. En 1968, les Salésiens se lancent dans un nouvelle construction prévue pour loger la Communauté et 90 internes et pour accueillir 140 élèves dans 7 classes. En automne 1970, on inaugure le nouveau bâtiment et les effectifs affichent complet.
Malheureusement, l’entrée en vigueur en 1973 d’une nouvelle loi modifiant les filières de la formation scolaire obligatoire oblige la direction à fermer les quatre classes des 12 – 16 ans tenues par les religieux. Des problèmes d’équivalence de diplôme et de mise en place d’une nouvelle organisation beaucoup plus coûteuse sont à l’origine de cette décision. Les forces vives de la Communauté quittent Sion et des problèmes financiers obligent certains Pères restant à s’engager dans les paroisses et les classes de la ville. A ces problèmes est venue s’ajouter la crise des vocations qui n’a pas permis le remplacement des religieux dont l’âge moyen en 1985 se situait à 66 ans. Dans ces conditions, la gestion de l’institution devenait de plus en plus aléatoire et, après mûre réflexion, le Vicaire provincial de Paris annonce à l’Evêque de Sion le départ des Salésiens pour juin 1986.
Durant leur 45 ans de présence à l’Institut Saint-Joseph Don Bosco, les Salésiens et les Salésiennes se sont révélés des éducateurs soucieux d’instruire et de socialiser les jeunes tout en respectant leur personnalité, comme l’avait fait St-Jean Bosco avant eux. En mettant en chantier 3 nouvelles constructions et en procédant à l’assainissement des bâtiments existant, ils ont également fait profiter la fondation de leur talent de bâtisseurs et de gestionnaires avertis.